Final Fantasy The Spirits Within ro sub online subtitrat - Anul este 2065, iar planeta Pământului este departe de locul în care era în trecut. Creaturi extraterestre mortale cunoscute sub numele de Fantome au apărut pe întreaga planetă, iar simplul contact cu aceste entități este letal, fie că este vorba de o moarte instantanee sau de un declin prelungit. Pentru a încerca să salveze puținul rămas din rasa umană, au fost construite bariere mari de forță în jurul anumitor orașe pentru a respinge Fantomele.
În căutarea unei soluții mai permanente la această invazie sunt oamenii de știință Aki Ross și mentorul ei, Dr. Sid, ale căror investigații au dezvăluit că există o formă de energie spirituală, Gaia, care poate eradica prezența Fantomei din această lume. Aki și Sid nu sunt singuri în căutarea lor prin Final Fantasy: The Spirits Within; consiliul uman și echipa militară „Deep Eyes” sunt gata să ajute. Nu toată lumea este însă convinsă de acest plan.
Aki, Sid, Grey și aliații lor trebuie să se unească împotriva forțelor atât extraterestre, cât și umane, dacă doresc să aibă vreo șansă de a restabili pacea pe Pământ. Un inamic a cărui simplă atingere este fatală, Fantomele par inamicul mai periculos, dar, după cum vor ajunge să afle, nici dușmanii lor umani nu trebuie să fie băgați.